Phần chất thải không phân hủy kỵ khí cần phải được tháo rút ra khỏi bể tự hoại. Nếu không, chúng sẽ làm bể phốt bị đầy và làm cho phần nước thải chứa các chất thải chưa bị phân hủy bị chảy tràn lan ra hầm rút và gây ô nhiễm môi trường.
>>> Xem ngay: Hút bể phốt tại Đông Anh
Điều này không những làm cho môi trường bị ô nhiễm mùi hôi thối mà còn làm hệ thống ống xả bị ách tắt và các lỗ rỗng trong hầm rút bị bịt kín dẫn đến giảm hiệu suất tháo khô.
Cũng tương tự như bất kỳ một hệ thống nào thì hệ thống tự hoại, hệ thống bể phốt cần được bảo trì định kỳ. Trách nhiệm này thuộc về chủ sở hữu bể phốt.
Tuy nhiên, trong một vài trường hợp, hành động của họ ảnh hưởng đến hoạt động của bể phốt như: xả dầu ăn quá nhiều xuống bể phốt, vứt các loại rác thải không bị phân hủy sinh học hoặc khó bị phân hủy như tàn thuốc lá, những miếng gạt bông, băng vệ sinh phụ nữ, tóc giả,…, đổ thức ăn thừa vào bồn cầu vệ sinh, xả những chất hóa học bền vững có thể gây hại đến thành phần làm hầm tự hoại,…